A l’époque gauloise, le site est dans le territoire des Bituriges (qui donnera son nom au Berry) et
proche des Eduens sur la rive est de l’Allier.
Agonges semble avoir existé dès le VI° siècle.
L’origine du nom pourrait être le nom ‘’gonges’’ correspondant au Moyen Age à un tertre réalisé pour la défense d’un lieu ; tertre où est construite l’église. C’est aussi à cette époque le nom donné aux villages reculés proche d’une forêt.
Au XII°, Agonges devient une ville franche pour favoriser la déforestation et le défrichement.
En 1806 lui est rattachée la commune du Breuil.
Elle fait partie de la communauté de commune du Bocage bourbonnais.